En tant qu’organisation défendant la laïcité*, l’Union Nationale des Etudiant-e-s du Luxembourg défend l’idée d’une séparation effective entre Églises et l’Etat. Dans ce sens, l’UNEL rejette l’organisation de cours d’instruction religieuse par l’Église catholique ou, éventuellement, par d’autres communautés religieuses, dans le cadre de l’école publique. C’est pourquoi, l’UNEL a longuement défendu la possibilité d’opter à la dispense des cours de religion et d’éducation morale, qui a été abolie à la suite des conventions conclues en 1997.
L’UNEL juge que la monopolisation actuelle de l’instruction religieuse par l’Église catholique, à laquelle l’Etat offre la possibilité de missionner et d’endoctriner des enfants à un âge où ceux-ci ont guère la possibilité ou les capacités de se prononcer sur les idées qu’on leur professe, est inacceptable dans un État qui se veut démocratique.
Les défenseurs de l’enseignement religieux argumentent que celui-ci constitue « un excellent renfort de leur formation historique, philosophique, littéraire et artistique » (Pilar del Castillo, ancien ministre espagnol de l’éducation nationale, dans Le Monde du 5 juillet 2003), que l’abolition des cours d’instruction religieuse aurait comme conséquence, que les élèves seront privés des connaissances de l’histoire et des valeurs chrétiennes, qui ont aidé à façonner notre civilisation actuelle.
Il est vrai qu’une méconnaissance entière du christianisme et de ses racines judaïques constituerait un désavantage grave, également au niveau de la compréhension traités au niveau de l`histoire, de la littérature, de la philosophie comme de l’histoire de l’art. De l’autre côté, notre culture est toute aussi empreinte d’influences autres qu’uniquement catholiques. La connaissance des systèmes de pensée asiatiques, ou de l’Islam, si on veut se limiter au niveau de la religion, s’avère aujourd’hui tout aussi importante que la connaissance de la doctrine catholique. Or, personne ne prétendrait que l’enseignement religieux catholique pourrait être véritablement neutre et objectif au niveau de l’introduction de doctrines qui contredisent son propre ensemble de croyances. Voilà pourquoi, l’UNEL propose le remplacement des cours d’instruction et de morale laïque au niveau de l’enseignement secondaire par des cours d’introduction aux diverses doctrines politiques, philosophiques et religieuses et leur développement historique, et par des cours d'instruction civique. Ces cours pourront également inclure des projets sur des problématiques actuelles, et inclure activement les élèves, les inciter à se faire une opinion sur des problèmes politiques, morales ou philosophiques. De tels cours pourraient fonctionner comme des modèles d’une démocratie participative, un enseignement d’une démocratie vécue. Par ailleurs, ces cours, qui toucheront également à des sujets tels que l’histoire,
la géographie, la littérature, devront se positionner résolument dans une optique transdisciplinaire, optique que l’UNEL voit d’ailleurs comme étant nécessaire pour l’ensemble des matières enseignées. Au niveau de l’enseignement primaire, une telle approche transdisciplinaire d’apprentissage en projets se prêterait pour donner aux élèves l’occasion d’apprendre à vivre la démocratie, de réfléchir à des questions d’ordre philosophique et historique. L’instruction des fidèles pourra toujours être organisé par les communautés religieuses elles-mêmes, en dehors du cadre de l’école publiques, dans leurs propres locaux et à leur charge.